Centrul de Cercetare Ştiinţifică pentru Apărare CBRN şi Ecologie are următoarea structură organizatorică:

• Comanda centrului, compusă din:
  • Şeful centrului
  • Locţiitorul ştiinţific al şefului Centrului
• Secţia tehnologii chimice, analize, detecţie, decontaminare şi ecologie
• Secţia apărare CBRN şi protecţie balistică individuală
• Secţia mascare şi mijloace exploziv-incendiare
• Secţia radiometrie
• Secţia intervenţii la evenimente CBRN şi ecologice
• Secţia microproducţie