Centrul de Cercetare Ştiinţifică pentru Apărare NBC şi Ecologie are următoarea structură organizatorică:

• Comanda centrului, compusă din:
  • Şeful centrului
  • Locţiitorul ştiinţific
• Sector logistic
• Secţia tehnologii chimice şi studii de impact
• Secţia apărare NBC şi a mediului
• Secţia mascare şi mijloace exploziv incendiare
• Secţia radiometrie
• Secţia intervenţii urgenţe RBC şi ecologice