La data de 18 octombrie 1966, prin Ordinul Ministrului Forţelor Armate nr. CL 00/1080, ia fiinţă Centrul de Cercetări Ştiinţifice al Marinei Militare, în subordinea Comandamentului Marinei Militare.

În anul 1998, centrul a fost integrat în structura Agenţiei de Cercetare pentru Tehnică şi Tehnologii Militare, subordonată Departamentului pentru Armamente, sub denumirea de Centrul de Cercetare Ştiinţifică pentru Tehnică de Marină.

În anul 2001 instituţia primeşte denumirea actuală: Centrul de Cercetare Ştiinţifică pentru Forţele Navale.