Centrul de Cercetări Ştiinţifice al Marinei Militare s-a înfiinţat în data de 18.10.1966, în garnizoana Constanţa, în subordinea comandamentului Marinei Militare.

În anul 1998, Centrul de Cercetări Ştiinţifice al Marinei Militare a fost integrat în structura Agenţiei de Cercetare pentru Tehnică şi Tehnologii Militare, subordonată Departamentului pentru Armamente, iar în anul 2001 a primit denumirea actuală: Centrul de Cercetare Ştiinţifică pentru Forţele Navale.